يعتبر معهد الدراسات القبطية أبرز المؤسسات التعليمية في الكنيسة القبطية الأرثوذكسية، حيث يهتم يهتم بالتاريخ والحضارة والتراث والثقافة القبطية، ويتبع بطريركية الأقباط الأرثوذكس، ويعتبر الرئيس الأعلى للمعهد هو قـداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية.
وذكر الموقع الرسمي للكنيسة القبطية الأرثوذكسية أن المعهد تأسس سنة 1954م، بأن صدر قرار المجلس الملى العام بالموافقة على إنشائه في 21 يناير 1954، وقد وافقت وزارة التربية والتعليم على إنشائه بخطابها الصادر من إدارة التعليم العالي رقم 1264 بتاريخ 10 يوليو 1955 وقد أشادت فيه بفكرة إنشائه لخدمة التاريخ الوطنى فى العصر المسيحى وسد العجز الموجود في هذا المجال، وفى 17 ديسمبر 1954 أقيم حفل افتتاح المعهد، وقابلت الأوساط العلمية العالمية فكرة إنشائه باهتمام بالغ، وسارعت إلى إيفاد علمائها وباحثيها إليه للتعاون العلمى المشترك.
قسم علم اللاهوت: ويهدف إلى دراسة العلوم اللاهوتية وفروعها المتعددة، ومنها علوم اللاهوت العقيدى والنظرى والأدبى والروحي والرعوى والكتابى والطقسى والمقارن وغيرها. ودراسة أسس التفسيرالسليم للكتاب المقدس. ودراسة المصطلحات والتعبيرات اللغوية اللاهوتية. ودراسة المجامع المسكونية، وكتابات وأقوال الآباء، والحوارات المسكونية وغيرها.
قسم اللغة القبطية: ويهدف إلى تعليم اللغة القبطية (قراءة وكتابة وقواعد ومحادثة وترجمة)، ويعمل على الحفاظ على اللغة القبطية وألحانها وصلواتها بالنطق الكنسى السليم، ودراسة قواعدها ولهجاتها وتاريخها وتطورها، والارتباط بينها وبين اللغة المصرية القديمة، ويهتم أيضا بدراسة الآداب القبطية بكل فروعها،. ودراسة نصوص الكتاب المقدس باللغة القبطية، والنصوص الطقسية، والنصوص التاريخية وغيرها، ويعنى القسم أيضاً بدراسة الصوتيات والخطوط وطرق التدريس، وإعداد دراسات حرة لتعليم اللغة القبطية.
قسم الألحان والموسيقى القبطية: يهتم بالألحان والموسيقى القبطية، والحفاظ عليها. بما يتطلبه ذلك من دراسة علوم التأليف الموسيقى، والتدوين الموسيقى، والنوتة الموسيقية، مما يساعد الدارسين على تذوق الألحان القبطية، ودراستها وتحليلها وفهم المعانى الروحية لها. كما يمتد الاهتمام إلى دراسة الموسيقى المقارنة، وموسيقى الشعوب الأخرى. ويهتم القسم بالجوانب العملية ومنها جمع الألحان القبطية وتسجيلها ، وتكوين فرق لحفظ الألحان (خوارس)، والتعاون مع الهيئات والجامعات الأجنبية لتسجيل وحفظ الألحان القبطية، ويقوم القسم أيضا بتدريس الألحان في دورات حرة مكثفة، وبالقسم استوديو صوتيات حديث لتسجيل الألحان القبطية، كما يقوم القسم بتقديم بعض الألحان القبطية فى رحلات علمية خارج مصر.
قسم الفن القبطي: يهتم بدراسة الفنون القبطية بأنواعها مثل الأيقونات وفنون التصوير والزخرفة، وفنون الفريسكو والموزاييك والنحت والخشب والخزف والفخار والزجاج والمعادن والنسيج القبطي. ودراسة مكونات ومحتويات الكنائس كالمذابح والمنجليات وحامل الأيقونات، والنوافذ وزجاجها ورسومها وغيرها، ودراسة فن التصوير الجدارى بخاماته وأشكاله المختلفة، ويهتم القسم بالجانب العملى بتدريب الدارسين على الإنتاج الفنى فى مجالاته المتعددة بما يشمله من عمليات التحضير وأسلوب الأداء فى التصميم والتشكيل والألوان والرموز، وغيرها. وبالقسم اتيليهات (مراسم) متخصصة للفنون القبطية، ويحرص القسم على نشر نماذج من الفن القبطى محليا وعالميا..
قسم العمارة القبطية: ويهتم بدراسة العمارة القبطية وعناصرها، مع تحليل خصائصها وتطورها. وما يتطلبه ذلك من دراسة نظريات العمارة، وتاريخ العمارة الكنسية، ودراسة المساحة الأثرية، مع دراسة الطرز المعمارية، وتطورها، ورموزها. ودراسة تاريخ تطور وتصميم المباني الدينية القبطية من الكنائس والأديرة. ودراسة أسس تصميم مبانى الكنائس على ضوء الطقس والعقيدة، ويحرص القسم على تعليم الدارسين الطرق الحديثة والمعاصرة لتصميم مبنى الكنيسة القبطية ..
قسم الآثار القبطية: ويهتم بدراسة الآثار القبطية الثابتة والمنقولة. والحفاظ عليها وتسجيلها وترميمها وصيانتها. ويهتم بدراسة الكنائس والأديرة الأثرية ومحتوياتها من أيقونات ومخطوطات وآثار وغيرها. إلى جانب دراسة بعض العلوم المساعدة ومنها الآثار المصرية القديمة والآثار اليونانية الرومانية، واللغة المصرية القديمة واللغة القبطية. وينظم القسم رحلات علمية للدارسين للأديرة والكنائس الأثرية بالوجهين البحرى والقبلى.
قسم التاريخ القبطي: ويهتم بالتاريخ القبطي بجميع عصوره ومراحله، من العصر الرسولى وحتى العصرالحديث، بما فى ذلك تاريخ المجامع المسكونية وتاريخ بطاركة الإسكندرية ، ودور الأقباط في الأحداث السياسية والاجتماعية والاقتصادية، ودورهم فى الحركة الوطنية. ودراسة المخطوطات القبطية.. ويهتم أيضا بالتاريخ الحديث والمعاصر للكنيسة، كما يهتم القسم بصفة خاصة بتاريخ وحضارة مصر خلال العصر القبطى بكل مظاهرها وجوانبها.
قسم الاجتماع والتربية: ويجمع عدداً من التخصصات الاجتماعية اللازمة لدراسة الحياة الاجتماعية بجوانبها المتعددة،. وتشمل: علم الاجتماع، والأنثروبولوجيا، والخدمة الاجتماعية وعلم النفس، والتربية.. ويهتم القسم بمجالات التنمية البشرية والخدمة العملية وتدريب وإعداد الخدام والعاملين فى المجالات الكنسية المتعددة .
قسم الدراسات الإفريقية: يقدم القسم ثقافة متخصصة عن قارة إفريقيا باعتبارها القارة الأم ، ودراسة التأثيرات والمؤثرات الحضارية والثقافية والأدبية والفنية المتبادلة بين مصر والقارة لتنمية معارفهم بها، وتوطيد العلاقات بشعوبها، وتاريخ الكنيسة في افريقيا، وإعداد خدام وباحثين متخصصين، ويهتم بدراسة القارة دراسة متكاملة في خمسة محاور: المحور الاقتصادي والاستثماري والسياسي، المحور الجغـرافي ، المحور الأنثروبولوجي، المحور التاريخي، المحور البيئي (الإيكولوجي).
قسم الدراسات الإعلامية : ويهدف إلى استخدام المعرفة التكنولوجية والنظريات العلمية الخاصة بمجال الإعلام لخدمة التراث القبطى. ولهذا يتم تدريس نظريات الإعلام، ونشأة وتاريخ وسائل الإعلام وتطورها. وما يتعلق بالعلاقات العامة والتوثيق الإعلامي ونظريات الاتصال، وكيفية استخدامها لخدمة التراث القبطي..
قسم التراث الشرقي المسيحى : ويهتم القسم بدراسة تاريخ وتراث وحضارة الكنائس الارثوذكسية الشرقية الشقيقة (السريانية ـ الأرمنية – …)، وكذلك دراسة تراث الأقباط المكتوب باللغة العربية، والتراث المترجم من اليونانية والقبطية إلى اللغة العربية .. وغـيرها
مركز اللغات : هو مركز متخصص لتعليم اللغات القديمة والحديثة، وينظم دورات تعليمية للترجمة والمحادثة ، ودراسة المصطلحات والنصوص اللاهوتية باللغة الانجليزية وغيرها
مكتبة المعهد : يضم المعهد مكتبة تضم عشرات الالاف من الكتب العربية والأجنبية بلغات متعددة في مجالات الدراسات القبطية والتراث والثقافة القبطية، والعلوم الكنسية واللاهوتية والعلوم الانسانية ، وفي مجالات التاريخ والآثار والفنون وغيرها.